為增加多元水源以提升供水穩定，以因應未來產業發展之用水需求，行政院於112年4月27日核定「臺南海水淡化廠工程計畫」，規劃全期開發達成每日產水20萬立方公尺目標，市府都發局依法於113年3月11日轉送內政部辦理審議，經內政部區域計畫委員會第473次會議審議通過，113年9月10日取得開發許可。
市府都發局說明，臺南地區豐枯水期降雨比例差異極高，需仰賴水庫蓄豐濟枯。經統計近10年(101-110年)用水資料，臺南地區就有7年因降雨偏少而實施民生、產業或灌溉用水減供措施。氣候變遷降雨異常已是明顯趨勢，穩定供水成為重要挑戰。海淡水具備質優、供水穩定、不受降雨分布不均影響等優勢，且國內外技術已純熟，確實為現階段提昇南部區域整體供水穩定之重要水源。臺南海淡廠計畫選址上考量用地完整性、取排水設施及取排水路線須離海岸近、避開環境敏感地區(台江國家公園、七股鹽田濕地)、排除人口密集區且可用土地足夠等條件，最終落腳於將軍區口寮段之廢棄鹽田。
市府都發局進一步說明，內政部區域計畫委員會的審議過程中，除要求申請單位經濟部水利署需依法留設緩衝綠帶、保育區及生態滯洪池外，建築物也需取得綠建築標章並作為環境教育場域使用。而經濟部水利署也積極與在地漁民團體溝通，提出污染防治、環境監控、景觀規劃措施，以減輕對周邊環境之衝擊。
政府有責任穩定供水，除了積極辦理節約用水、水源調度、備援措施外，亦須開發多元水源。海淡廠具有供水穩定、不受天候、降雨分布不均等水文條件影響之優勢，為現階段提升南部區域整體供水穩定之重要措施之一，除提升對於極端氣候後之調適能力，期能達到保障民生及產業用水之建設目標。